发生在未来，主角名叫Isaac Clarke，一个太空工程师（嗯，这年头专业战士不吃香了，技术工人有力量！），隶属于ConcordanceExtractionCorporation简称C.E.C，这是一个运营银河系内大型采矿船的公司。故事的引子是，C.E.C收到了一艘“行星破碎者”级别的采矿船USGIshimura（石村）的求救信号，Isaac同其他４位C.E.C雇员乘坐USGKellion到行星Aegis-7轨道上的USGIshimura。起初他们以为只是USGIshimura的通信设备发生了机械故障。
当然，事实并非这样简单。另外，Isaac参加此次任务还有自己的个人原因。因为他不久前收到了前妻NicoleBrennan一条支离破碎的视频消息。而Nicole正好在USGIshimura上担任医务官。Isaac在旅途中还在不断的观看这段影像资料，他还指望到了Ishimura之后，问清楚Nicole具体想讲些什么。可惜，当他踏上Ishimura的时候，他的命运从此彻底改变了。 迫降到Ishimura不久，我们就遇上了敌人，保镖Ａ和保镖Ｂ就这样挂了（还是留个名吧，他们分别是CorporalChen和CorporalJohnston，两位下士比工程师还死的早，跑个龙套不容易）
主角和CTOKendraDaniels,资深保镖ZachHammond就失散了。他们两个在后面的游戏中将会坐等在不同安全的地方，通过无线电，全息图，来使唤主角为了大家早日出生天跑东跑西，修这修那。谁叫Isaac是工程师呢……而这三个人的关系也不那么简单，Kendra一直表现出对Zach的不信任，但是事情的结果往往是出人意料的。
另外，主角还会遇到船上的两个活人：分别是Dr.ChallusMercer和Dr.TerrenceKyne，他们一个是想要杀死主角的神经病，一个是想要主角帮助阻止这一切。另外，主角的前妻Nicole还会时不时的出来搅和一下，说一些莫名其妙的话，如“makeuswholeagain”之类的话，让气氛变得很诡异。而一切的一切都是一个阴谋，源于一个……
